« Que les Humains soient détruits ! » C'est pour éviter cela que Toah part en quête, car l'arche de Noé de son aïeul ne renfermait pas des animaux, mais des Anima. Ces âmes perdues qui répandent le Mal sur Terre ont été libérées. Pour sauver sa soeur, il va devoir capturer et enfermer à nouveau toutes ces créatures maléfiques dans le grimoire de son ancêtre.
Pour retrouver sa soeur jumelle et la libérer du joug de l'ennemi, Toah affrontera tous les Anima !