Une nouvelle aventure commence pour Fairy Tail ! Natsu, Lucy, Happy et leurs compagnons décident de relever le défi de la fameuse et inachevée 'Quête de 100 ans' soumise par le mage fondateur de la guilde originelle, la première d'entre toutes ! Sur un continent totalement inconnu, nos héros vont découvrir une ville étrange, des dieux surpuissants et de terribles rivaux...
Les mages de Fairy Tail ont réussi à s'extirper du monde parallèle dans lequel ils avaient été entraînés, et ils décident de retourner temporairement à la guilde de Magia Dragon, point de départ de la Quête de 100 ans. Cependant, ils ne sont pas seuls : Diabolos est également présent ! Désormais aux ordres de Serenne, Suzaku et ses compagnons sont envoyés en expédition dans un labyrinthe géant. Leur mission : récupérer le cœur d'Elefseria ! L'étrange dédale, bâti sur le cadavre d'un dragon qui s'étend sans limites, devient le théâtre d'une 'Battle Dungeon' entre Fairy Tail et les chevaliers noirs chasseurs de dragons !
Wolfen, Gears, Doom, Metro et Aldron, les gardiens de Mokushin qui se trouvaient dans les cinq joyaux, sont entrés en scène et ils comptent se servir de leurs pouvoirs pour exterminer le genre humain ! Les mages de Fairy Tail, notamment Lucy et Wendy, tentent de les en empêcher, mais les combats successifs les ont passablement épuisés. Heureusement, des renforts inespérés arrivent : les compagnons de la guilde ont été libérés du sort du mage blanc ! Tous unissent leurs forces pour affronter un dragon gigantesque, plus haut qu'une montagne !
Natsu est-il mort ?! Sous les coups d'une attaque menée par Reis, le dragon fantôme, Natsu perd son âme. Alors que Reis s'apprête à dévorer cette dernière, de vieilles connaissances interviennent pour empêcher que l'irréversible se produise... Les plans du mage blanc se déroulent comme prévu : les mages de Fairy Tail sont contraints de s'affronter. Lucy va-t-elle s'en sortir face à Elfman et ses sœurs ?! Erza résistera-t-elle à Gerald ?! Le mage blanc et la guilde de Diabolos ne doivent surtout pas atteindre les cinq joyaux !
Plongée au cœur d'un labyrinthe qui change de forme et d'architecture en permanence, la guilde de Fairy Tail doit affronter celle de Diabolos. Natsu se retrouve face à Suzaku pour la deuxième fois. C'est l'occasion rêvée de prendre sa revanche ! Malheureusement, trop absorbés par leur combat, ni l'un ni l'autre n'ont senti s'approcher un ennemi encore plus dangereux ! Serenne est alors contrainte de s'en mêler... La vérité sur le secret de ce labyrinthe se dévoile !
Natsu et le mage blanc s'affrontent dans la ville sur le dos de Mokushin ! Existe-t-il un moyen d'échapper au White Out ?! Au même moment, Wendy a été capturée par Nebaru, le dragon collant, mais elle tente le tout pour le tout afin de s'en sortir. Malheureusement, une grande déception l'attend : le dragon géant Aldron Mokushin renfermait un secret que même les mages de Fairy Tail, la guilde de Diabolos et le mage blanc ignoraient ! Un cri terrible déchire alors le ciel de Guiltina...
Cent ans après sa mort, Dogramag, Dragon divin de la terre, a ressuscité et cherche à dévorer tous les hommes présents dans le labyrinthe. Malgré leur appartenance à deux guildes différentes, Natsu et Suzaku décident d'unir leurs forces pour former un nouveau duo, les Fire's, et se dressent devant le dragon. Parviendront-ils à faire vaciller le géant ? Non loin de là, Luxus et Kirin s'affrontent en dépit des changements qui s'opèrent au cœur du labyrinthe. Cependant, les deux combattants sont unis par un lien inattendu... Les aspirations de hommes et des dragons font des étincelles dans l'obscurité du sous-sol !
Serenne, le dragon divin de la lune, affronte Suzaku, dragon de la guilde de Diabolos et maître dans l'art du sabre ! Sous l'influence du pouvoir de Serenne qui continue de croître, la magie présente sur Elenthia devient incontrôlable ! Au même moment, Natsu et Erza sont soignés au village de Hakumetsu, pendant que Lucy et Grey font face à Mimi et Hakune. Cependant, la panique commence à gagner le village lorsque le monde semble prêt à s'effondrer... Wendy aurait-elle la 'clé' pour sortir de cette impasse ?! Il est temps, pour les mages de Fairy Tail, d'user de toute leur expertise pour se battre dans ce monde parallèle !
Natsu et ses amis ont mené à bout leur combat contre le dragon Mokushin et ils se détendent un peu dans le bain d'Aldo. C'est le moment que choisir le mage blanc pour s'enfuir ! Elle utilise un sort de transfert pour disparaître, mais entraîne tous les membres de la Quête de 100 ans avec elle ! Les mages de Fairy Tail font un bond dans l'espace-temps et se retrouvent dans le fameux pays de leurs 'anciens amis' ! Ils découvrent alors qui tire les ficelles derrière le mage blanc dans ce nouveau monde. Un grand combat se prépare, et nos compagnons vont devoir affronter une adversaire aussi belle que cruelle !
Sur le continent de Guiltina, au nord d’Ishgar, Natsu et ses compagnons ont fait la connaissance de Suijin, dragon au grand cœur confronté à la perte de contrôle de ses pouvoirs que cherchent à s’approprier des Dragon Eaters. Natsu s’interpose pour protéger Suijin, mais il est trop tard : ce dernier s’est déjà fait dérober ses forces par... une nouvelle membre de Fairy Tail ! Et lorsque celle-ci montre son “autre visage”, de terribles catastrophes se profilent pour les Fées.
La guilde de Fairy Tail est tombée entre les mains du mage blanc... De leur côté, Natsu et ses compagnons sont arrivés à Drashiir, la ville située sur la patte droite d'Aldron Mokushin, le dragon divin du bois, mais Jubia les met en garde : Mirajane, Gajil, Luxus ne sont plus eux-mêmes et ils vont les attaquer ! Est-ce le début d'une bataille fratricide entre les membres de la guilde ?! Natsu, très excité par les futurs combats, ne tient plus en place ! Mais attention, le mage blanc a de grandes ambitions, et son véritable objectif est ailleurs !
La bataille contre le dragon divin Suijin a commencé dans le port d'Ermina, mais sa force est telle que Natsu et se compagnons sont pratiquement impuissants. C'est alors que l'apparition d'un être, jusqu'alors inconnu, vient tout chambouler ! Pendant ce temps, en l'absence de ses principaux membres, la guilde de Fairy Tail doit faire face au terrible mage blanc...
Débarqués par surprise à Elenthia, Natsu et les mages de Fairy Tail se retrouvent face aux 'trois belles déesses sous la lune', la garde rapprochée de Serenne. Natsu et Grey sont capturés, puis exposés aux regards d'un parterre de jeunes filles qui festoient. Ils sont ensuite contraints d'affronter leurs amies changées en yôkai ! Au même moment, à Hakumetsu, le village de Faris, la grande prêtresse a fait venir d'Earthland l'un des mages de Diabolos pour éliminer Serenne. Les hasards se multiplient dans ce monde parallèle, mais la chance va-t-elle sourire à Natsu ?
Les Fire's Vs. le Dragon divin Doshin ! La bataille dans le labyrinthe géant souterrain touche à sa fin ! Les mages de Fairy Tail, ceux de Diabolos, Elefseria et Serenne s'installent à la même table... La Quête de 100 ans de Natsu et de ses amis prend alors une nouvelle tournure ! 'L'arme la plus puissante du genre humain' indispensable au combat entre Ignia Enjin et Bielness Kinjin exist…