Grey, Erza et Lucy se lancent à la recherche de Natsu et Happy ! Pendant ce temps, Gerald avance ses pions et fait appel aux Trinity Raven, l’unité d’élite d’une terrible guilde d’assassins. L’espoir revient à nos héros quand il s’avère que Simon est de leur côté et qu’il est bien décidé à contrecarrer les plans de Gerald, mais le Conseil vient à voter l’utilisation d’Aetherion, un redoutable sort de destruction. La Tour du Paradis n’a plus que 25 minutes devant elle...
La révolte de Luxus est terminée. Fairy Tail se relève de ses blessures et la parade de Fantasia peut avoir lieu. Toutefois, elle se fait dans une ambiance un peu spéciale, Luxus ayant été banni de la Guilde. Mais à peine la fête des moissons est-elle terminée que nos héros doivent faire face à de nouvelles aventures : Lucy découvre qu’elle est plus attachée à son père qu’elle ne le croyait et les guildes clandestines les plus puissantes font parler d’elles forçant le maître Makarof à envisager l’impossible : une alliance avec d’autres guildes !
Les Oracion Seis ont enlevé Wendy ! Cette dernière est la détentrice d’un grand pouvoir de guérison et Brain et les siens veulent l’utiliser pour ressusciter un homme capable de retrouver le Nirvana au milieu de la forêt. Dans le même temps, Erza tombe terrassée par le venin du cobra. Les autres membres de l’équipe se lancent alors à la recherche des Oracion Seis pour leur reprendre Wendy. Mais la forêt est infestée de membres des guildes clandestines aux ordres des Oracion et l’influence néfaste du Nirvana ne simplifie pas les choses. Le combat à venir s’annonce des plus ardus !
Le combat contre Zero, le maître des Oracion Seis, fait rage. Les membres de l’Alliance des guildes doivent unifier leurs forces pour le vaincre. Mais la joie de la victoire est de courte durée, les forces du Conseil de la magie faisant arrêter Hot-Eye et Gerald pour qu’ils répondent de leurs actes devant la justice. La menace du Nirvana ayant disparu, chacun retourne chez lui, dans sa guilde. Ou, le cas échéant, en rejoint une nouvelle. Mais l’arrivée de nouveaux éléments, tout comme le retour de certains après une longue absence, n’est pas forcément de bon augure ni sans conséquences.
Le roi a lancé son impitoyable plan d'éradication. Il a même pris les commandes du Droma Anim (une armure en forme de dragon) pour participer en personne au combat ! Natsu, Gajil et Wendy, les trois chasseurs de dragons combattent cette redoutable arme magique ! Pendant ce temps, Lucy et les autres, associés aux membres de Fairy Tail d'Edolas, affrontent l'armée royale. Quel sera l'aboutissement du choc contre ce roi tenace ?!
Natsu et les membres de sa guilde attendent avec impatience l'épreuve d'accessibilité au rang de mage de classe S.